Thành phố Phú Quốc được thành lập trên cơ sở toàn bộ diện tích tự nhiên và dân số 179.480 người của huyện Phú Quốc hiện nay, trở thành thành phố đảo đầu tiên ở Việt Nam.

Khi lên thành phố, Phú Quốc lập mới phường Dương Đông theo diện tích và dân số 60.415 người của thị trấn Dương Đông; lập phường An Thới theo diện tích, dân số 4.610 người của xã Hòn Thơm cộng với diện tích, dân số 37.485 người của thị trấn An Thới.

Theo tờ trình của Chính phủ, Phú Quốc được bao phủ bởi bờ biển dài với nhiều bãi biển đẹp và còn nguyên sơ, các ngư trường giàu tiềm năng và vùng nước biển sâu tạo điều kiện phát triển du lịch, đánh bắt hải sản và phát triển hệ thống cảng biển. Sau 15 năm xây dựng và phát triển, kinh tế của Phú Quốc luôn đạt tốc độ tăng trưởng cao và duy trì ổn định.

Năm 2019, Phú Quốc đón hơn 3 triệu lượt khách du lịch trong và ngoài nước. Cùng với phát triển kinh tế, hệ thống cơ sở hạ tầng được đầu tư với quy mô lớn, hiện đại, đồng bộ, từng bước hình thành không gian đô thị trên địa bàn.

Thị trấn Dương Đông và thị trấn An Thới là hai đô thị của huyện Phú Quốc. Thị trấn Dương Đông có vai trò là trung tâm kinh tế, chính trị, văn hóa - xã hội; thị trấn An Thới là đầu mối giao thông cảng biển quan trọng nhất của huyện.

TP Phú Quốc có 9 đơn vị hành chính cấp xã, gồm: phường Dương Đông, phường An Thới và 7 xã: Hàm Ninh, Dương Tơ, Gành Dầu, Bãi Thơm, Cửa Dương, Cửa Cạn, Thổ Châu.